Путешествуя по Закавказью, Айвазовский запечатлел горы, тифлисский быт, Арарат и Араратскую долину. В числе написанных тогда работ большое полотно "Сошествие Ноя с горы Арарат". Крещенный в Армянской апостольской церкви Айвазовский создал целый ряд картин на библейские и исторические сюжеты: "Хаос. Сотворение мира", "Крещение армянского народа", "Клятва. Полководец Вардан".
Художник тяжело переживал армянские погромы в Турции в 1894-1896 гг., пытался по возможности оказывать помощь выжившим, помогал беженцам найти жилье. Под сильным впечатлением от этих событий Айвазовский написал картины "Погром армян в Трапезунде", "Армян погружают на корабли", "Армян живыми бросают в Мраморное море". Их карандашные эскизы были опубликованы в сборнике "Братская помощь пострадавшим в Турции армянам". Выставки этих картин прошли по всей Европе.
В ряду картин на армянскую тему — портреты бабушки художника Ашхен, его старшего брата, служителя Армянской Церкви Габриэла, католикоса Хримяна и, конечно, его второй жены — Анны Бурназян-Айвазовской. Большая разница в возрасте (ему было 65 лет, ей — 25) и неудачная первая женитьба художника не помешали заключить новый брак. Эчмиадзинский Синод одобрил развод Айвазовского с англичанкой Юлией Гревс, давно уже не жившей с мужем и даже восстанавливавшей против него дочерей. В год свадьбы Айвазовский написал портрет молодой жены в национальном платье с прозрачной косынкой на голове. Еще одна посвященная ей картина — "Сбор фруктов в Крыму". "Благодаря этой женитьбе я стал ближе к своему народу", — признавался художник.
Несмотря на постоянную активную творческую работу, Айвазовский оставался деятельным гражданином своего государства и малой родины. На его средства в Феодосии были построены здания картинной галереи, археологического музея, новая армянская школа и типография, общегородское художественное училище. Художник также провел в город питьевую воду, способствовал строительству железной дороги.
Иван Айвазовский похоронен в Феодосии на территории средневековой армянской церкви Сурб Саркис (Святого Сергия). На мраморном надгробии на древнеармянском языке написаны слова историка Мовсеса Хоренаци: "Родился смертным, оставил по себе бессмертную память".
Сравнить этого человека с перевертышем Лавровым это конечно нечто