Версия Враракн в свое время немало обсужался. Но она мало логична ибо когде несколько веков назад там находилось село Вараракн, его название не отражало весь Арцах. А название столицы Арцаха должно отражать больщее, чем просто средевековое название одного села.
Верин Шуши, Неркин Шуши - хороший вариант.
Арцахакерт тоже, хотя звучит искуственно немного.
Также неполохой вариант Хачен. Центральный Арцах в средневековии назывался Хачен, кроме того слово Крест-Хач удачно играет роль корня...
:-)